include ../config.h

.SUFFIXES:
.SUFFIXES:  .nab .c .o .f

.nab.o:
	./nab  -c $(NABFLAGS) $<
	@rm -f $*.c

.c.o: $<
	$(CC) -c $(CFLAGS) $<

.f.o: $<
	$(FC) -c $(FFLAGS) $(FREEFORMAT_FLAG) $<

NAB2COBJS=	\
	nab2c.o	\
	cgen.o	\
	checkexpr.o	\
	dumpnode.o\
	errormsg.o	\
	fixexpr.o	\
	genavscode.o	\
	node.o	\
	symbol.o	\
	y.tab.o

LIBNABOBJS=	\
	NAB_ainit.o	\
	allatom_to_dna3.o \
	axis2frame.o	\
	binpos.o	\
	bonded_atoms.o \
	boundsutil.o	\
	conjgrad.o	\
	database.o  \
	dna3.o		\
	dna3_to_allatom.o \
	dump.o		\
	embed.o		\
	fd_helix.o  \
	frameutil.o	\
	getdist.o	\
	hashutil.o	\
	jacobi.o	\
	match.o		\
	matop.o		\
	memutil.o	\
	molio.o		\
	molsurf.o   \
	molutil.o	\
	nab2avs.o	\
	nab2geom.o	\
	newton.o \
	nmode.o     \
	chirvol.o	\
	pointutil.o	\
	prm.o       \
	rand2.o		\
	regexp.o	\
	reslib.o	\
	sasad.o		\
	select_atoms.o	\
	sff.o       \
	stringutil.o	\
	temputil.o	\
	time.o	\
	tm_malloc.o	\
	traceback.o \
	bdna.o	\
	dg_helix.o \
	getchivol.o \
	getres.o	\
	getseq_from_pdb.o \
	getxyz_from_pdb.o \
	getpdb_prm.o \
	getpdb_rlb.o \
	linkprot.o	\
	link_na.o	\
	na_anal.o 	\
	setboundsfromdb.o \
	setchiplane.o	\
	wc_basepair.o	\
	wc_complement.o	\
	wc_helix.o \
	yammp.o

EXAMPLES=	\
	../examples/program_*.nab

#===========================================================================

system:	nab	\
	nab2c	\
	libnab.a

nab: nab.c
	$(CC) -DBINDIR='"."' -DINCDIR='"."' -DLIBDIR='"."'  $(CFLAGS) \
		-DCC='"$(CC)"' -DCPP='"$(CPP)"' -DFLIBS='"$(FLIBS)"' -o nab$(SFX) nab.c

nab2c:	$(NAB2COBJS)
	$(CC) $(CFLAGS) -o nab2c$(SFX) $(NAB2COBJS)

libnab.a: $(LIBNABOBJS) 
	-rm -f libnab.a
	$(AR) rv libnab.a $(LIBNABOBJS)
	-ranlib libnab.a

y.tab.h: y.tab.c

y.tab.c:  nabgrm.y lex.yy.c
	$(YACC) -d nabgrm.y

y.tab.o: y.tab.c
	$(CC) -c $(CFLAGS) -D$(LEX) y.tab.c

lex.yy.c: nablex.l
	$(LEX) nablex.l

lex.dg_options.c: dg_options.l
	$(LEX) -t dg_options.l | sed 's/yy/dgo/g' > lex.dg_options.c

lex.mm_options.c: mm_options.l
	$(LEX) -t mm_options.l | sed 's/yy/mmo/g' > lex.mm_options.c

checkexpr.c:
	(cd ../semantics; make; mv checkexpr.c ../src )

#===========================================================================

#    Compiles with un-optimized code, (for compiler bugs, one assumes):

fd_helix.o:  fd_helix.nab nab nab2c
	./nab -c -O0 fd_helix.nab

#===========================================================================

#    Compiles with optimized code:

molio.o:  molio.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) molio.c

sff.o:  sff.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) -D$(LEX) sff.c

conjgrad.o:  conjgrad.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) conjgrad.c

newton.o:  newton.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) newton.c

boundsutil.o:  boundsutil.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) boundsutil.c

embed.o:  embed.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) -D$(LEX) embed.c

bonded_atoms.o:  bonded_atoms.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) bonded_atoms.c

rand2.o:  rand2.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) rand2.c

sasad.o:  sasad.c
	$(CC) -c $(OCFLAGS) sasad.c


#===========================================================================

clean:
	-rm -f *.o nab$(SFX) nab2c$(SFX) libnab.a checkexpr.c
	-rm -f lex.mm_options.c lex.dg_options.c lex.yy.c y.tab.c y.tab.h
	(cd ../semantics; make clean )

install: system
	$(CC) -DBINDIR='"$(BINDIR)"' \
		-DINCDIR='"$(INCDIR)"' \
		-DLIBDIR='"$(LIBDIR)"' \
		$(CFLAGS) -DCC='"$(CC)"' -DCPP='"$(CPP)"' -DFLIBS='"$(FLIBS)"' \
		-o nab_install nab.c
	-mkdir $(NABHOME)/bin $(NABHOME)/lib
	-mkdir $(LIBDIR) $(BINDIR) $(INCDIR)
	mv -f  nab_install$(SFX) $(BINDIR)/nab$(SFX)
	mv -f  nab2c$(SFX) $(BINDIR)
	mv -f  libnab.a $(LIBDIR)
	rm -f $(INCDIR)/nabcode.h $(INCDIR)/defreal.h $(INCDIR)/nab.h
	cp nabcode.h $(INCDIR)
	cp nabtypes.h $(INCDIR)
	cp defreal.h $(INCDIR)
	cp nab.h $(INCDIR)

beforerealinstall:
	$(CC) -DBINDIR='"$(PREFIX)/bin"' \
		-DINCDIR='"$(PREFIX)/include"' \
		-DLIBDIR='"$(PREFIX)/share/nab/lib"' \
		$(CFLAGS) -DCC='"$(CC)"' -DCPP='"$(CPP)"' \
		-DFLIBS='"$(PREFIX)/share/nab/lib/libsym.a $(PREFIX)/share/nab/lib/lapack.a $(PREFIX)/share/nab/lib/blas.a $(PREFIX)/share/nab/lib/f2c.a"' \
		-static -o ../bin/nab${SFX} nab.c

uninstall: clean
	-rm -f \
        $(BINDIR)/nab2c$(SFX) $(BINDIR)/nab$(SFX) $(INCDIR)/nabcode.h \
        $(INCDIR)/nab.h $(INCDIR)/defreal.h $(LIBDIR)/libnab.a

examples: system 
	@for i in $(EXAMPLES); do ./nab $(NABFLAGS) -o `ls $$i | sed 's/.nab/$(SFX)/'` $$i; done
	(cd ../examples; make examples )

#===========================================================================

axis2frame.o:	\
	nab.h
binpos.o:  \
	memutil.h
bonded_atoms.o: \
	nab.h
boundsutil.o:	\
	nab.h  \
	memutil.h \
    traceback.h \
	errormsg.h
cgen.o:	\
	nab.h	\
	errormsg.h	\
	y.tab.h
chirvol.o:	\
	nab.h
conjgrad.o:  \
	memutil.h
newton.o: \
	memutil.h
database.o:  \
	database.h
dump.o:		\
	nab.h
dumpnode.o:	\
	nab.h	\
	y.tab.h
embed.o:	\
	nab.h	\
	errormsg.h  \
	memutil.h  \
    traceback.h \
    chirvol.h \
	lex.dg_options.c
errormsg.o:	\
	errormsg.h
fixexpr.o:	\
	nab.h	\
	errormsg.h	\
	y.tab.h
frameutil.o:	\
	nab.h	\
	memutil.h
genavscode.o:	\
	nab.h	\
	y.tab.h
hashutil.o:	\
	nab.h
jacobi.o:	\
	memutil.h
matop.o: \
	nabcode.h
match.o:	\
	nab.h
memutil.o:	\
	nab.h
molio.o:	\
	nab.h	\
	errormsg.h
molsurf.o:  \
	nab.h   \
	molsurf.h
molutil.o:	\
	nab.h	\
	errormsg.h	\
	memutil.h
nab2avs.o:	\
	nab.h
nab2c.o:	\
	nab.h
nab2geom.o:	\
	nab.h
node.o:	\
	nab.h	\
	errormsg.h	\
	y.tab.h
pointutil.o: \
	nab.h
prm.o: \
	nab.h
rand2.o: \
	defreal.h
reslib.o: \
	nab.h \
	errormsg.h \
	memutil.h  \
    chirvol.h  \
	database.h
select_atoms.o:	\
	nab.h
sff.o: \
	nab.h \
	memutil.h \
	lex.mm_options.c \
	rattle.c \
	eff.c \
	sff2.c \
	debug.h
stringutil.o: \
	nab.h
symbol.o:	\
	nab.h	\
	errormsg.h
temputil.o: \
	nab.h
traceback.o: \
	errormsg.h
y.tab.o:	\
	nab.h	\
	errormsg.h \
	lex.yy.c